המקדשים ביפן משמשים מקום פולחן ותפילה לשתי דתות: דת השינטו והדת הבודהיסטית. המקדשים הרבים הפזורים לכל אורכה ורוחבה של יפן הם מראה שלא ניתן להתעלם ממנו. לפיכך גם אמנים יפנים רבים מצאו במקדש ובחיים סביבו נושא לביטוי אישי. מבני העץ הקטנים או הגדולים על גגות העץ או הרעפים שלהם בנויים ללא שימוש במסמרים. על ידי חיבורים מתוחכמים של הקורות זו לזו בנו היפנים מבנים רבים. מקדש טודאיג'י (Todaiji) בנארה הוא מבנה העץ הגדול בעולם כולו. אומנים העוסקים בימינו במלאכת נגרות זו נחשבים לנכס לאומי.
דת השינטו, הדת היפנית המקורית, מאמינה בקיומם של אלים רבים מאוד המתגלים בכל דבר בטבע וביקום ומגלמים אותם. לפיכך, הטבע כולו נחשב למקום קדוש. האמונה באלים אין ספור הובילה לבניית מקדשים רבים. מקדשי השינטו מכונים ג'ינג'ה
(Jinja). מאמין הרוצה לזכות בברכתם של האלים צריך לבקר במקדשיהם, להגיש מנחות ולהשתתף בטקסים השונים. ראשית הארכיטקטורה של מקדשי השינטו היא בסימון המקום הקדוש בטבע על ידי חבל עליו תלויות פיסות נייר לבנות או על ידי שער הניצב לפניו. המקדש הוא תחום סגור המכיל מקום קדוש עשוי עץ ולפניו מספר בניינים בהם נערכים הטקסים השינטואיסטיים, התפילות ומקום הנחת המנחות.
קיים מגוון רחב של מבני מקדשים - בגודלם, סגנונם הארכיטקטוני, ובסידור השונה של המבנים. במתחם של מקדש שינטו טיפוסי בגודל בינוני יש מספר מבנים. מתחם המקדש הוא מלבני בצורתו ומוקף על ידי גדר המגדירה אותו כמקום קדוש. בחלק האחורי ניצב ה'הונדן' (Honden) הקדושה המרכזית, ובו ה'גושינטאי'
(Goshintai), חפץ קדוש שבו שוכנת רוח האל - ה'קאמי' (Kami). לעתים שוכנת בגושינטאי יותר מרוחו של אל אחד. ההאידן
(Haiden), אולם הסגידה והתפילה, נמצא לפני ההונדן ולעתים מסתיר אותו. לפני ההאידן מקיים כוהן השינטו את הטקסים, והמתפללים מגישים מנחות. לעתים שביל מקורה מקשר בין שני הבניינים הללו. המאמינים מכריזים על בואם למקדש על ידי מחיאת כף וצלצול בפעמון התלוי מקורת הגג של ההאידן. מטרתה של פעולה זו למשוך את תשומת לב האלים. הם משלשלים את תרומותיהם לקופסת עץ מלבנית גדולה הניצבת לפני ההאידן. למאמין הפשוט אסור להיכנס להאידן או להונדן כי זה מקום קדוש שאין לטמאו. למעשה, גם לכוהני השינטו מותר להיכנס לשם רק במקרים מיוחדים. הכוהנים מתגוררים במקדשים רק אם אלה גדולים במיוחד.
במקדשים קטנים יש בדרך כלל רק מבנה קדוש אחד אשר חלקו הקדמי משמש להאידן והאחורי להונדן. מקדש של אלוהות המיוצגת על ידי תופעות טבע כגון הרים, מעיינות חמים או מפלי מים, הוא בעל מבנה האידן בלבד, התופעה הטבעית עצמה משמשת כהונדן.
בכניסה למקדש עומד 'טוריי' (Torii), השער האופייני למקדש שינטו, הבנוי משני עמודים שעליהם ניצבות שתי קורות מאוזנות. שביל, שלעתים מקושט במספר שערים כאלה, מוביל היישר אל ההאידן. במרחק מה מן השביל אך לא רחוק מן ההאידן ממוקם הטמיזאווה (Temizawa) פביליון לרחיצת הידיים, שבו המאמינים מטהרים עצמם על ידי שטיפת הידיים והפה. בכניסה למקדש, או לצד המדרגות המובילות אל ההאידן, ישובים זוג אריות אבן
(Komainu; כלבים קוריאניים) השומרים על המקדש. בימי פסטיבל תולים בכניסה למקדש חבל קדוש העשוי מגבעולי קש
(Shimenawa) וממנו משתלשלות פיסות נייר לבנות. במקדש בניינים נוספים, כגון מחסן לחפצי הטקסים, אולם להכנת מאכלים למנחות ומקום למכירת קמיעות. לפרקים, באותו מתחם יש מספר מקדשים זהים כמקדשי איסה (Ise). לעתים מקימים שלוחות של מקדשים שישכנו את רוחה של אותה אלוהות במקומות שונים. למשל, יותר מ־30,000 מקדשים ביפן מוקדשים לאל האורז אינארי (Inari).
במאה השישית לספירה הגיע הבודהיזם ליפן מהודו דרך סין וקוריאה. הבודהיזם לא דחק את השינטו ושתי הדתות התקיימו זו לצד זו, ורוב היפנים הם שינטואיסטים ובודהיסטים כאחד. לפיכך הוקמו מקדשי השינטו והבודהיזם באותו מתחם. במקורה לא האמינה הדת הבודהיסטית באלים אלא בגאולת הנפש, אך עם התפתחותה אלים רבים מייצגים את תורתה. פסלי האלים מוצבים במקדשים הבודהיסטיים והם מוקד הפולחן בתוך המקדש. המקדש משמש בית לנזירים.
המקדשים הבודהיסטיים מכונים טרה (Tera) והיום קיימים כ־77,000 מקדשים כאלה ביפן. במקדש בודהיסטי ממוצע יש שבעה מבנים בסיסיים. הפגודה, שהיא המבנה החשוב ביותר במקדש, היא מבנה של שלוש, חמש או שבע קומות, שבו נשמר השריד הקדוש של הבודהא. בתחילה היתה הפגודה ממוקמת במרכז המקדש והאולמות האחרים מאחור, משני צידיה. במקדש הוריוג'י (המאה השביעית)נבנה האולם הראשי, שבו ניצבים פסלי האלים הבודהיסטיים ובו מתקיים הפולחן, לצד הפגודה. במקדשים אחרים נבנה האולם הראשי במרכז וזוג פגודות שהוקמו לצדדיו היו מרכיב דקורטיבי בלבד. במקדש קופוקוג'י (Kofukuji; שהושלם במאה השמינית) הוצבה הפגודה בצד המתחם של המקדש. השינוי במיקומה של הפגודה מלמד על שינוי בתפיסת הדת ועל התפתחות של סגנון ארכיטקטוני המאפיין את יפן. בניין חשוב נוסף במתחם המקדש הוא אולם ההרצאות, בו נישאות דרשות לפני מספר רב של נזירים. אולם זה, הממוקם מאחורי האולם הראשי, היה בתחילה נפרד. אך בהדרגה הוא נבנה סמוך יותר לאולם הראשי, ועתה פרוזדור מקורה בגג מקשר ביניהם. אולם ההרצאות מרווח ולעתים גדול יותר מהאולם הראשי. מבנים אלו הם בעלי קומה אחת ועליה מבנה הגג. שער פנימי, שממנו יצאו שני פרוזדורים מימין ומשמאל, הקיפו בעבר את האולם הראשי ואת השטח שלפניו. בתקופת נארה הוקפו המקדשים בחומה בה היו שערים בכל צד ומכך נגזרו שמותיהם. השער הדרומי היה לשער הראשי. השערים הם בדרך כלל בעלי שתי קומות. מבנים נוספים במתחם המקדש הם ביתן הפעמון, גנזך הסוטרות אכסניית הנזירים, והמחסנים.
בתערוכה מוצגים כ־40 הדפסים ורישומים אשר רובם ככולם עוסקים בנושא המקדשים ביפן. ההדפסים מנציחים את המבנים השונים של המקדשים כפי שנראו במאה ה־19 ובראשית המאה העשרים.